จังหวัดคูมาโมโตะตั้งอยู่ทางตะวันตกของเกาะคีวชูและมีอาณาเขตครอบคลุมหมู่เกาะอามากูซะที่อยู่ทางตะวันตกด้วย ชายฝั่งด้านตะวันตกของจังหวัดคูมาโมโตะส่วนที่อยู่บนเกาะคีวชูติดต่อกับทะเลอาริอาเกะ ทิศเหนือติดต่อกับจังหวัดฟูกูโอกะและจังหวัดโออิตะ ทิศตะวันออกติดต่อกับจังหวัดโออิตะและจังหวัดมิยาซากิ ทิศใต้ติดต่อกับจังหวัดคาโงชิมะ
